Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności przepisy następujących aktów prawnych:
◦ ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 z późn. zm.),
◦ ustawa z 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2021 r. poz. 735 z późn. zm.),
◦ Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia instrukcji kancelaryjnej izb administracji skarbowej, urzędów skarbowych i urzędów celno-skarbowych oraz instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego izb administracji skarbowej (Dz. Urz. MRiF z 2017 r. poz. 43),
◦ Zarządzenie NR 3 Ministra Finansów z dnia 20 stycznia 2015 r. w sprawie prowadzenia rejestrów oraz przekazywania informacji w sprawach sądowoadministracyjnych (Dz. Urz. Min. Fin. z 2015 r. poz. 7 ze zm.),
◦ Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków (Dz. U. Nr 5, poz. 46),
◦ Regulamin organizacyjny urzędu skarbowego.
Sprawy w urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu zasad wynikających z Kodeksu postępowania administracyjnego i Ordynacji podatkowej.
Zgodnie z Ordynacją podatkową załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej (art. 139 § 1 Op).
Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę, lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie (art. 139 § 2).
W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie urząd ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1 Op). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 § 4 Op).
Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu wyższego stopnia, tj. do izby administracji skarbowej (art. 141 §1 Op).
Postępowanie wszczynane jest na wniosek strony.
Przy postępowaniu odwoławczym, odwołanie wnosi się do izby administracji skarbowej za pośrednictwem organu pierwszej instancji, który tę decyzję wydał.
Sprawy załatwiane są w formie pisemnej.