Organizacja urzędu skarbowego została określona regulaminem nadanym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu na podstawie Zarządzenia nr 15 Ministra Finansów z dnia 5 marca 2015 r. w sprawie organizacji urzędów i izb skarbowych oraz nadania im statutów (Dz. Urz MF z 2015 r. poz. 15).
Na czele urzędu skarbowego stoi naczelnik powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Finansów. Kieruje on pracą urzędu za pośrednictwem Zastępców, których powołuje i odwołuje dyrektor izby skarbowej na wniosek naczelnika urzędu. Kierownicy samodzielnych komórek organizacyjnych, kierują ich pracami na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym urzędu skarbowego.
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji znajdujących się w strukturze organizacyjnej urzędu skarbowego określa regulamin organizacyjny.
