Organizacja urzędu skarbowego została określona regulaminem nadanym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu na podstawie zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (tj. Dz. Urz. Min. Fin. Fun. i Pol. Reg. z 2020 r. poz. 16 z późn. zm.), w związku z ustawą z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t. j. Dz. U. z 2021 r. poz. 422 z późn. zm.).
Na czele urzędu skarbowego stoi naczelnik powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Rozwoju i Finansów. Kieruje on pracą urzędu za pośrednictwem Zastępców, których powołuje i odwołuje dyrektor izby administracji skarbowej na wniosek naczelnika urzędu. Kierownicy samodzielnych komórek organizacyjnych, kierują ich pracami na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym urzędu skarbowego.
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji znajdujących się w strukturze organizacyjnej urzędu skarbowego określa regulamin organizacyjny.
